Depois da reconquista da cidade em 1230, Mérida fica sob a jurisdição da Ordem de Santiago, cuja casa prioral se encontrava no convento de San Marcos, em Leão. Em meados do século XVI, os preceitos do Concílio de Trento mandam os dirigentes eclesiásticos residir nos territórios da sua jurisdição.

Para acomodar a residência do convento, no espaço da Alcazaba que já ocupava a Casa da Encomienda, o Conventual é construído.