Esta grande fortaleza foi erigida durante a época muçulmana de Mérida pelo emir omíada Abderramão II, no ano 835 da nossa era. O encarregado de a delinear foi o arquiteto Abd Allah, que para construir esta Alcáçova, a mais antiga da Península Ibérica, procurou inspiração nos modelos bizantinos. A finalidade deste recinto fortificado era múltipla: servir como sede das dependências administrativas omíadas e residência do governador local, mas sobretudo como filtro de acesso à cidade pela ponte romana, refúgio da minoria árabe durante as reiteradas agitações locais contra o poder cordovês, e praça onde se acantonavam as tropas do emir, bem como para abafar as revoltas dos moçárabes meridíes, ou para efetuar incursões nos reinos cristãos do Norte.

Todo o perímetro desta extensa alcáçova estava rodeado por um grande fosso, à exceção da parte lateral do rio Guadiana. Encontramos 25 torres maciças, espaçadas e encaixadas na própria muralha. As torres albarrãs, salientes do corpo principal da fortaleza, foram construídas posteriormente pela Ordem de Santiago.

Os muros, de 2.70 metros de largura, apresentam uns paramentos feitos à base de silhares e outros materiais reutilizados de épocas anteriores. O núcleo destes muros é de cascalho, terra e peças de granito.

O acesso a este conjunto faz-se através de uma abertura outrora ocupada por um painel de muralha com uma porta de acesso e respetivas torres franqueando-a. Era a porta de um fortim de planta quadrada em cuja parte oriental se abre a porta que dá acesso à cidade, e na meridional a porta de acesso ao recinto da alcáçova. Por cima desta porta pode-se ver uma réplica da inscrição cúfica onde consta a data de conclusão deste recinto.

No pátio do fortim podemos ver vestígios arqueológicos de época romana: a calçada principal da cidade, bem como os alicerces da muralha e de uma porta monumental com dois vãos e duas torres. Trata-se da porta que é desde há séculos o brasão desta cidade com base nas representações que se fizeram em algumas emissões de moedas de Augusta Emerita.

No interior destaca-se a presença de uma cisterna, exemplar único da arqueologia peninsular, construída com peças de arquitetura decorativa romanas e visigodas. Por cima desta, situou-se uma mesquita, da qual se conserva ainda a sua planta, e que foi convertida depois em igreja. Não se conserva o terceiro andar deste conjunto, onde talvez estivesse uma torre de sinal.

Outras zonas escavadas da fortaleza mostram-nos vestígios prévios à sua construção: um troço perfeitamente conservado de uma rua romana, a mesma que se prolonga na Zona Arqueológica de Morerías. Para esta rua dá uma residência urbana romana na qual se podem observar várias reformas. Por último, podemos ver um troço da muralha romana fundacional, no qual, como no caso da Zona Arqueológica de Morerías, se encontra um potente reforço de peças de granito reutilizadas, que parece ser já obra do século V d.C.