La colección Visigoda está ubicado en la antigua Iglesia de Santa Clara, inmueble barroco edificado en la primera mitad del siglo XVII. En este lugar coexistián la colección visigoda y la romana hasta que esta úlitma se trasladó al Museo Nacional de Arte Romano.

La colección visigoda, la mejor colección de la escultura visigoda peninsular, fue formándose paulatinamente desde el siglo XVI a partir de colecciones de particulares y del interés de ciertos eruditos.

La colección comprende varios grupos: el conjunto constituido por las piezas decoradas procedentes de la estructura arquitectónica de los templos, como pilastras, cimacios, capiteles, dinteles y frisos decorados. Otro grupo es catalogable como mobiliario litúrgico, como pilastrillas de altar, mesas y pies de altar. El tercer conjunto lo forman los nichos u hornacinas; el cuarto está formado por placas de cancel como elemento mobiliario litúrgico. Finalmente, hay otro grupo constituido por una pila bautismal, un fragmento de canalización decorada y algunas inscripciones.

En las vitrinas se exhiben piezas de la vida cotidiana y de la muerte de la época visigoda.