O museu possui duas coleções permanentes:

• Coleção Juan de Ávalos: no piso térreo do edifício, instala-se a obra mais representativa do escultor Juan de Ávalos, doada à cidade pelo autor: originais em bronze e madeira, esboços e desenhos de diferentes temas, obras monumentais e ornamentais, retratos e esculturas religiosas. Este espaço forma uma visão da longa carreira artística deste filho favorito de Mérida.

• Coleção Ramón Carreto: Este pintor e colecionador natural de Badajoz e estabelecido em La Nava de Santiago reuniu em toda a vida coleções de temas diversos: etnográficos, brinquedos e bonecas de diferentes fábricas européias e americanas, datadas do final do século XIX até o século XX. Suas coleções ocupam o primeiro andar do prédio.