Tras la reconquista de la ciudad en 1230, Mérida es puesta bajo la jurisdicción de la Orden de Santiago cuya casa prioral estaba en el convento de San Marcos, en León. A mediados del siglo XVI, los preceptos del Concilio de Trento mandan residir a los dirigentes eclesiásticos en territorios de su jurisdicción. Para acoger la residencia del priorato, en el espacio de la Alcazaba que ya ocupaba la Casa de la Encomienda, se construye el Conventual.

Actualmente, este edificio, abierto a la Plaza del Rastro acoge la Presidencia de la Junta de Extremadura.