En este moderno edificio, inaugurado en 2007 y construido sobre los terrenos del antiguo Cuartel Hernan Cortés, se encuentran los siguientes espacios:

• Geoemérita (Colección de Geología “Fernández López- Sos Baynat”): Tiene su origen en el Museo de Geología de Extremadura, inaugurado en 1991 gracias a la colección aportada por el geólogo Don Vicente Sos Baynat. Está formada por dos salas: en la Sala I, se observan varias vitrinas (Paleontología, Petrología y Aplicaciones de la Geología); en la Sala II, existen tres vitrinas sobre Mineralogía, dedicadas a minerales extremeños, silicatos y menas metálicas y no metálicas, respectivamente. Además, al fondo de la Sala II se ha musealizado parte del laboratorio del profesor Sos Baynat, que consta de mobiliario de madera para la clasificación de muestras recolectadas durante sus trabajos de campo. Sendas salas se completan con paneles informativos y divulgativos.

• Praemérita (Colección Prehistórica de la Comarca de Mérida): Compuesta por varios centenares de objetos prehistóricos procedentes de los numerosos yacimientos paleolíticos, neolíticos, calcolíticos, de la Edad de Bronce y protohistóricos, de los alrededores de la que posteriormente sería la capital de la Lusitania Romana. Entre estos yacimientos hay que destacar: El Dolmen del Prado de Lácara (Mérida), el monumento megalítico más grande de España y el segundo mayor de la Península Ibérica; El Cerro del Castillo de Alange, uno de los pocos poblados de Extremadura con ocupación de toda la Edad de Bronce; El Poblado de El Palomar (Oliva de Mérida), uno de los yacimientos más importantes del Periodo Orientalizante en la Península Ibérica; y varios túmulos que contienen edificaciones del tipo de las de Cancho Roano, como el Turuñuelo (Mérida), del que la Colección conserva una completa muestra de materiales.